Milli Mücadele'yi tehlikeye düşürenleri yargılamak için düşünülen ve kararlarına itiraz edilemeyen bir mahkeme niteliğinde olan İstiklal Mahkemelerinin baktığı suçlar vatana ihanet, ayaklanma, casusluk, bozgunculuk ve aleyhte propaganda, soygunculuk, görevini kötüye kullanmak, halka eziyet ve baskı, asker ailesine saldırı, Tekâlif-i Milliye'den mal kaçırmak, cinayet, düşman işgalinden yararlanıp kanunsuz hareketlerde bulunmak, düşmana yardım ve işbirliği, düşman ordusuna katılmak, askerden firar etmek, firar edenlere yardım ve yataklık etmekti. Aldığı kararlarla pek çok kişi ceza aldı ve bu dönem tarihin sayfalarından gün yüzüne okuyacağınız eserle çıkarıldı.